従業員の健康診断は企業にとって法的義務であると同時に、職場環境の質や従業員満足度を左右する重要な取り組みです。
しかし、年々高まる健診の質や範囲に伴って、企業の負担は増加傾向にあります。
そんな中、健康診断にかかる費用を助成金で一部賄える制度が存在することをご存じでしょうか？
本記事では、「健康診断に助成金は使えるのか？」「どんな条件で、どう申請するのか？」という疑問に対し、制度の概要から申請手順、企業が活用すべき代表的な助成金まで、網羅的にわかりやすく解説します。
また、助成金の活用を単なる費用削減ではなく、“人材定着”や“健康経営”につながる投資として捉える新たな視点も紹介。記事を読み終える頃には、自社がどの助成金を使えそうかが明確になり、次のアクションへ自信をもって進める状態を目指します。
健康診断費用に助成金が出る仕組みとは
従業員の健康診断は義務でありながら、多くの企業にとっては見過ごされがちなコストの一つです。
しかし現在では、健康診断の実施に対して助成金が支給される制度も存在しており、活用することで費用負担を軽減できます。
ここでは、どのような助成制度があるのか、なぜ中小企業が対象になりやすいのか、どこから支援を受けられるのかを整理します。
企業が活用できる主な健康診断関連の助成金制度
企業が健康診断で活用できる助成金の代表例として、厚生労働省所管の産業保健活動推進助成金（定期健康診断実施促進コース）があります。
これは定期健康診断の実施費用を一部補助する制度で、主に小規模事業場を対象としています。
また、健康保険組合や自治体が独自に提供する健診補助制度もあり、人間ドックや生活習慣病予防健診など、対象となる検査や条件は制度ごとに異なります。
中小企業や特定業種が対象となる理由
助成金制度の多くは、従業員の健康管理に十分なリソースを割きづらい中小企業を支援する目的で設計されています。
特に、産業医の選任義務がない50人未満の事業場では、定期健診の実施率が低下しやすいため、補助金によって健診実施を促す狙いがあります。
また、建設業や運送業など、健康リスクの高い業種には特化した支援策が設けられている場合もあります。
国・自治体・健康保険組合など支援元の違い
助成金はその提供主体によって支援内容が異なります。
国（厚生労働省）からの制度は全国共通で手厚い補助が特徴ですが、手続きが煩雑な面もあります。
一方、地方自治体の助成は地域密着型で、簡易な申請が可能なケースも多いです。
さらに、加入している健康保険組合による補助金制度も存在し、年齢や健診内容に応じて補助額が変わることがあります。
まずは「自社が対象か」を確認しよう
健康診断に対する助成金制度は複数あり、自社の規模や業種、加入している保険組合によって使える制度が異なります。
まずは、自社がどの制度の対象となりうるかを把握し、条件に合った助成金を選定することが重要です。
費用削減だけでなく、従業員の健康管理と企業価値の向上につながる制度として、積極的に活用を検討しましょう。
健康診断費用で利用できる代表的な助成制度一覧
従業員の健康を守るための健康診断やメンタルヘルス対策は、企業の重要な責任のひとつです。
しかしその実施には一定のコストがかかるため、助成制度をうまく活用することが、コスト削減と健康経営の両立に役立ちます。
ここでは、企業が活用できる代表的な助成金や補助制度を紹介します。
人間ドックや生活習慣病予防健診の助成
健康保険組合や共済組合が提供する助成制度の多くでは、人間ドックや生活習慣病予防健診に対して一定額の補助があります。
補助額や対象年齢、検査項目の条件は組合ごとに異なりますが、年1回の利用で最大2〜3万円が補助されるケースもあります。
社員に長期的な健康意識を持たせる上でも、積極的に案内すべき制度です。
ストレスチェックやメンタルヘルス対策費用への補助
心の健康への対策も助成対象となります。たとえば、ストレスチェックの導入費用やメンタルヘルス研修費用に対して助成される制度もあります。
自治体によっては、外部カウンセラーやEAP（従業員支援プログラム）の導入費用にも補助が出る場合があります。
心身両面での健康支援体制を整えるうえで有効です。
自治体独自の助成・補助制度（例：東京都・大阪府など）
東京都や大阪府などの大都市圏では、中小企業支援の一環として、独自の健康診断助成制度を設けていることがあります。
たとえば、東京都では職場健診の費用補助や、受診率向上を目的とした取組に対して補助金が支給される事例もあります。
地域によって助成内容や申請時期が異なるため、最新情報の確認が必要です。
自社に合った助成制度を選び、健康経営を推進しよう
健康診断にかかる費用を助成する制度は、国・自治体・健保組合それぞれに存在し、条件や支給内容が異なります。
まずは自社の規模や業種、所在地に応じた制度を確認し、最も活用しやすい制度を選定しましょう。
助成制度は単なるコスト削減策ではなく、従業員満足度や生産性向上にもつながる重要な施策です。
助成金を受けるための条件と注意点
企業が従業員の健康診断費用に助成金を活用する際には、制度ごとに細かな条件や注意点が設けられています。
申請すれば必ず支給されるわけではなく、対象範囲や実施基準を正しく理解しておくことが重要です。
ここでは、申請前に押さえておくべきポイントを整理します。
申請対象となる企業・従業員の範囲
助成金や補助金は、全ての企業・従業員が対象となるわけではありません。
たとえば、厚生労働省の「産業保健活動助成金」は、常時雇用する労働者数が50人未満の事業場を対象としており、それを超える企業は対象外になります。
また、助成の対象となる「従業員」も、正社員・契約社員・パートなど雇用形態に応じた制限がある場合があります。
制度によっては、社会保険加入の有無や勤務時間数に基づく条件が設定されていることもあるため、事前確認が不可欠です。
健康診断の実施要件（対象人数・検査内容・頻度など）
助成を受けるには、健康診断の内容が制度で定められた基準を満たしている必要があります。
たとえば、法定健診に準じた検査項目の実施、年1回以上の実施、全従業員への受診機会の提供などが求められることが一般的です。
また、一部の制度では健康診断の受診率（例：80％以上）を条件として設定している場合もあります。
受診率が低い場合、助成対象にならなかったり、補助額が減額されたりする可能性があるため、社内での受診促進も重要になります。
助成対象外になるケース（未加入・基準未満など）
見落としがちな落とし穴として、制度対象外となるケースも数多くあります。
たとえば、以下のような場合は助成の対象外となる可能性があります。
・企業が健康保険組合に未加入である
・実施した健診が任意検査のみで法定基準を満たさない
・健診の実施業者が指定外である、または領収書の様式が不備
・健診結果の報告義務を果たしていない
さらに、助成金申請にあたっての事前申請や申請期限の厳守も必須条件です。
申請漏れや期限切れで支給されない事例も多いため、スケジュール管理にも注意が必要です。
助成条件を理解し、無駄なく制度を活用しよう
健康診断費用に対する助成金制度を有効に活用するには、企業側の正確な制度理解と実施体制の整備が鍵となります。
対象となる企業規模や従業員範囲、健診内容の要件などを事前に確認し、助成対象外となるリスクを回避することが成功のポイントです。
制度の仕組みを理解し、自社に合った計画的な導入を進めましょう。
健康診断助成金の申請手続きとスケジュール
健康診断費用に助成金を活用する際、スムーズな受給のためには申請手続きの流れとスケジュール管理が重要です。
助成金制度は申請のタイミングや提出書類が煩雑な傾向にあるため、事前準備を怠ると受給漏れや申請却下の原因になりかねません。
ここでは、申請から支給までの流れを分かりやすく解説します。
申請までの流れ（申請書類・証拠書類・提出先）
助成金の申請では、「交付申請書」や「実施計画書」などの基本書類に加え、健康診断の実施証拠（契約書、請求書、領収書、出勤簿など）の添付が求められます。
制度によっては健診機関の実施報告書や、受診者一覧表の提出も必要になるため、事前に申請要項を熟読しておきましょう。
また、提出先は制度の運営主体によって異なります。
厚労省関連の助成金は都道府県労働局や労働基準監督署へ、健康保険組合の補助は各組合に直接申請する必要があり、それぞれ提出方法（オンライン・郵送・持参）も異なります。
交付決定後から支払いまでのステップ
申請後は内容の審査が行われ、交付決定通知書の発行をもって「申請が認められた」状態になります。
その後、対象となる健康診断を実施し、完了後に「実績報告書」や「支払い請求書」などを改めて提出する必要があります。
このプロセスを経て初めて、助成金の振込が行われます
実施から支払いまでは数カ月を要することもあるため、健診実施時期と照らし合わせて余裕を持ったスケジュールを立てておくことが重要です。
助成金を確実に受け取るためのチェックリスト
申請手続きでの書類不備や締切遅れは、助成金不支給の主な原因となります。以下のようなチェックリストをもとに、申請準備を進めましょう。
・申請対象期間内に健康診断を実施しているか
・対象となる従業員・検査内容であるか確認済みか
・事前申請・実績報告の期限を厳守しているか
・書類に記載漏れ・証拠不備がないか
・提出先と提出方法を間違えていないか
事前に全体スケジュールを引いておくことで、抜け漏れを防止できます。
計画的な申請がスムーズな受給のカギ
助成金を確実に受け取るには、健康診断の実施前から申請スケジュールと必要書類を把握し、段階的に準備を進めることが不可欠です。
特に、事前申請→実施→実績報告→交付請求という一連の流れを正確に理解し、企業内で役割分担を行うことが成功のポイントです。
制度を味方につけ、健康管理とコスト削減の両立を目指しましょう。
健康経営の推進と助成金活用の相乗効果
健康診断の助成金活用は、単なるコスト削減策ではなく、企業の経営戦略としての“健康経営”とも深く結びついています。
従業員の健康管理に積極的な企業は、長期的に見て生産性や企業価値を高めやすく、国もこの姿勢を後押しする制度を数多く整備しています。
このセクションでは、健康経営と助成金活用の相乗効果について具体的に解説します。
健康経営優良法人認定との関係性
経済産業省が推進する「健康経営優良法人認定制度」は、従業員の健康管理を経営的視点で捉え、戦略的に取り組んでいる法人を評価する制度です。
健康診断の実施やストレスチェック、職場の健康施策が評価項目に含まれており、助成金を活用してこれらの施策を充実させることは認定の取得・維持にも貢献します。
さらに、認定を受けることで企業の信頼性や採用力の向上、金融機関や自治体からの優遇措置といったメリットもあり、助成金と合わせて中長期的な企業成長の起点になります。
従業員の健康維持がもたらす企業価値の向上
健康経営に取り組むことで、従業員の欠勤や離職のリスクが減少し、生産性が向上するという効果が期待されます。
これは経済的損失の回避だけでなく、職場の雰囲気改善やエンゲージメント向上といった無形の資産形成にもつながります。
一例として、定期健診の受診率向上やメンタルヘルス対策の実施により、企業全体のパフォーマンス向上を図れることが、近年注目されています。
助成金によってこうした取り組みの導入・継続がしやすくなるため、戦略的な健康施策の実行力が高まるのです。
助成金を「費用対効果の高い投資」に変えるポイント
助成金を単なる補助として使うのではなく、「未来への投資」として活かす視点が重要です。
たとえば、健康診断結果の分析を活かして健康リスクを可視化し、重点対策を講じれば、従業員の行動変容を促す施策が可能になります。
また、助成金で健康管理ツールや外部サービスを導入し、科学的データに基づく健康経営のPDCAを実現できれば、より継続的かつ戦略的な運用が可能になります。
これにより、少ない自己負担で大きな成果を得る「費用対効果の最大化」が実現します。
助成金は健康経営の“第一歩”を支える強力な手段
健康診断の助成金は、企業が健康経営を始める・強化するための有効なツールです。
特に健康経営優良法人認定を目指す企業にとっては制度面でも実務面でも大きな後押しとなります。
従業員の健康が企業の成長力に直結する今、助成金を活用した賢い投資判断が、未来の企業価値を左右する鍵となるでしょう。
よくある質問（Q&A）
本章では、企業の担当者からよく寄せられる「健康診断と助成金制度に関する疑問」について、わかりやすくお答えしていきます
パート・アルバイトの扱いや、申請可能な時期、福利厚生費との関係など、実務で悩みやすいポイントを明確に整理しました。
パート・アルバイトの健康診断にも助成金は使える？
結論から言えば、助成金の対象に含まれる場合があります。
厚生労働省の制度の多くは、正社員に限らず、一定の労働条件を満たすパート・アルバイトも対象としています。
たとえば、週の所定労働時間が正社員の4分の3以上であれば、社会保険加入義務があるように、助成金でも対象と見なされるケースが多くあります。
ただし、制度ごとに対象者の定義が異なるため、助成金の公募要領や支給要件を事前に確認することが重要です。
健康診断の助成金を検討する際には、雇用契約書やシフト実績などから労働実態を確認し、対象範囲を明確にすることが求められます。
また、産業医による意見聴取義務やストレスチェック義務など、常時50人以上の従業員がいる企業とそうでない企業では義務範囲も異なるため、注意が必要です。
既に実施した健診でも申請できる？
原則として、実施前の計画提出と承認が必要です。
多くの助成金制度では、「事前申請→計画認定→事業実施→実績報告→支給申請」という流れが定められており、すでに行った健康診断については、後からの助成金申請は認められないことが大半です。
しかし、制度によっては例外的に「遡及適用」が認められるケースもあり、たとえば年度内に実施されたものであれば一部経費として認められる場合があります。個別制度の要領を確認し、不明点は事前に窓口に相談するのが確実です。
また、自治体が実施する独自の健康支援補助制度などでは、企業負担分の一部を補助する形で、既に実施した健診への支援が受けられることもあります。
このような制度は見落とされがちなので、地元自治体のサイトも併せてチェックしておくと良いでしょう。
助成金と福利厚生費の両方を利用できる？
両方の活用は可能ですが、「二重取り」には注意が必要です。
助成金で補填された費用を、同時に福利厚生費として経費計上することは税務上の問題が生じる可能性があります。
たとえば、社員の健康診断を「福利厚生の一環」として全額会社負担にした場合、その費用をそのまま損金算入できます。
一方で、その一部に助成金が適用された場合、助成対象分を差し引いた実質負担額のみが経費計上の対象です。
また、福利厚生費とした費用を原資に別の助成金（たとえば人材開発支援助成金や健康づくり促進制度）を重ねて利用しようとした場合、「支給対象外」とされる恐れがあります。
こうしたリスクを避けるためにも、事前に社労士や税理士に相談することを推奨します。
よくある疑問を解消して、正しく助成金を活用しよう
健康診断に関する助成金制度は、対象者や申請タイミング、経理処理との整合性など、実務面での確認事項が多く存在します。
特に「パートも対象になるのか？」「過去の健診は申請可能か？」「福利厚生費との関係は？」といった点は、多くの企業で混乱を招きやすいポイントです。
適切な制度選定と事前準備により、こうした助成金は非常に有効な支援策となります。
活用を検討している企業は、早めに制度概要を把握し、実務担当者や専門家と連携しながら進めていくことが成功の鍵となるでしょう。
健康診断助成金を“コスト削減”から“人材戦略”へ変える発想
従業員の健康診断を「義務だからやるもの」と捉えていませんか？
実はこの健康診断こそ、助成金を活用することで採用力の強化や離職率の低下といった人材戦略へと大きく転換できる鍵になります。
ここでは、健康診断助成金を単なる経費節減のツールではなく、中小企業の経営資源強化に活かす視点でその活用方法を解説します。
助成金を使って「離職率の低下」「採用力の強化」につなげる方法
健康診断助成金は、従業員の健康維持にかかるコストを補填するだけでなく、働きやすい職場づくりの一環として活用することが可能です。
具体的には、以下のような戦略的メリットが挙げられます。
・安心感のある職場環境の訴求
定期健診が充実している会社は、求職者にとって「健康面でも配慮が行き届いている」という印象を与えます。
求人応募時のアピール材料としても有効です。
・従業員満足度の向上
健診結果に基づくアフターフォロー（産業医相談や二次検査費用補助など）を整えることで、従業員からの信頼が高まります。
・離職リスクの軽減
体調不良を早期発見・早期対処できる体制がある企業は、長期的に見て離職率の低下につながりやすくなります。
さらに、これらの取り組みは「健康経営」として社外評価にもつながり、企業ブランディングの観点からも有利に働きます。
健康データを経営資源として活用する仕組み
助成金を活用して定期的に取得した健診データは、単なる医療情報ではなく経営資源としての活用価値を持ちます。
たとえば以下のような施策が可能です。
・職種別・年齢別の傾向把握
疲労度、メンタルヘルス、生活習慣病リスクなどを職種や年齢ごとに分析し、業務改善や配置転換の参考にできます。
・健康リスクを可視化した施策設計
腰痛が多い職場であればストレッチ導入、メンタル不調が多ければEAP（従業員支援プログラム）の活用といった具体策を立てられます。
・保険料の適正化
法人として加入している健康保険組合の保険料率も、従業員の健康指標が一定水準を下回れば見直されるケースがあります。
このように、健康診断＝経営に資する投資と再定義することが、中長期的な企業成長にもつながります。
中小企業が今取り組むべき“健康投資経営”とは
大企業ではすでに定着しつつある「健康経営」は、いまや中小企業にこそ必要な視点となりつつあります。
人材確保が難しくなっている今、以下のような理由から健康投資は有効です。
・働き続けられる環境づくり
特に少人数の会社では1人の離脱が業務全体に大きな影響を及ぼします。
健康維持は直接的な戦力確保に直結します。
・福利厚生の差別化
給与水準では大手に敵わなくても、「健康サポート」に力を入れることで応募者からの評価を得ることが可能です。
・助成金による負担軽減
健康診断・ストレスチェック・予防接種などへの助成制度を活用することで、低コストでの導入が可能になります。
つまり、「人材を守り、育てる」ための第一歩として、今こそ中小企業が“健康投資型の経営”にシフトするタイミングといえるのです。
健康診断は“経費”ではなく“未来への投資”になる
健康診断助成金は単なるコスト削減手段ではなく、人材の定着・採用・戦力化にまでつながる経営戦略ツールです。
中小企業だからこそできる「従業員目線の健康支援」は、結果として会社全体の生産性や評価の向上にも結びつきます。
今こそ、健康診断を“経費”から“未来への投資”へと捉え直すことが、持続可能な企業づくりの第一歩となるでしょう。
健康診断助成金を正しく理解し、企業成長の追い風に
健康診断に活用できる助成金制度は、単なるコスト削減手段ではなく、従業員の健康維持と企業の持続的成長を両立させる戦略的な資源です。
国・自治体・健康保険組合など、多様な支援元が制度を用意しており、自社に合った制度を見極め、条件や申請手続きを正確に押さえることが重要です。
特に中小企業や業種限定の制度もあるため、「自社が対象かどうか」を正確に把握し、早めに準備を始めることが成功の鍵になります。
また、健康経営や人材定着といった長期的視点でも助成金を活用すれば、単なる“経費補填”から“企業価値向上”への一歩を踏み出すことができます。
自社の健康診断に助成金を活用することができるか、この記事を通じてその判断がついたなら、次は実際の申請・運用へと進みましょう。
正しい情報と計画的な行動が、企業と従業員双方にとっての大きな成果へとつながっていきます。
