補助金に消費税はかかる？仕入控除税額の返還と申請時の注意点を解説

2026年7月28日

補助金を受け取ったとき、「受取額に消費税はかかるのか」「補助金を使って設備を購入した場合はどう処理するのか」と迷う事業者は少なくありません。

結論からいうと、一般的な補助金の受取額は、原則として消費税の課税対象外です。

補助金は、商品を販売した代金やサービスを提供した報酬として受け取るものではありません。国や地方自治体などが、設備投資や販路開拓、雇用環境の改善といった取り組みを支援するために交付します。

ただし、補助金の受取額に消費税がかからないからといって、消費税に関する手続きが一切不要になるわけではありません。

補助金を使って設備やサービスを購入した場合、その購入費に含まれる消費税について仕入税額控除を受けられることがあります。その結果、補助金で支援された消費税相当額と仕入税額控除が重なり、交付元への報告や返還が必要になる場合があります。

つまり、補助金と消費税の関係を理解するには、次の2つを分けて考えることが重要です。

補助金として受け取った収入の消費税
補助金で支払った経費に含まれる消費税

本記事では、補助金の受取額に消費税がかからない理由、仕入控除税額の返還が発生する仕組み、申請時や受給後に確認したいポイントを解説します。

補助金の受取額は消費税の課税対象外

補助金の受取額は、一般的に消費税の課税対象外です。

消費税は、国内で事業者が対価を得て行う商品の販売やサービスの提供などに課されます。

一方、補助金は、事業者が国や地方自治体などへ商品やサービスを提供し、その代金として受け取るものではありません。政策目的に沿った取り組みを支援するために交付される、対価性のない収入です。

そのため、補助金を受け取っただけでは消費税は発生しません。

補助金は商品やサービスの対価ではない

消費税が課されるかどうかを判断するうえで重要なのが、受け取った金銭に「対価性」があるかどうかです。

対価性とは、商品を販売したり、サービスを提供したりした見返りとして金銭を受け取る関係を指します。

例えば、事業者が顧客へ税込11万円の商品を販売した場合、その金額には原則として消費税が含まれます。

一方、国や自治体から100万円の補助金を受け取った場合、その100万円は商品やサービスの販売代金ではありません。

事業計画に沿った設備導入や販路開拓などを支援するために交付されるため、消費税の課税対象外として扱われます。

行政機関の案内でも、補助金や助成金の収入は消費税の課税対象外とされています。

設備投資向けの補助金にも消費税はかからない

設備投資やITツールの導入を支援する補助金であっても、受取額そのものに消費税がかかるわけではありません。

例えば、次のような補助金や助成金が該当します。

機械設備の導入を支援する補助金
ITツールの導入を支援する補助金
販路開拓を支援する補助金
省エネルギー設備の導入を支援する補助金
雇用環境の改善を支援する助成金
従業員の教育訓練を支援する助成金

設備の購入費に消費税が含まれていても、補助金の受取額まで課税売上になるわけではありません。

補助金の収入と、設備を購入した取引は別々に考えます。

補助金で導入した設備から売上が発生しても扱いは変わらない

補助金を使って導入した設備によって新しい商品を製造し、その商品を販売した場合、商品販売による売上には消費税がかかることがあります。

ただし、その売上が発生したからといって、過去に受け取った補助金まで課税対象になるわけではありません。

例えば、補助金を使って急速冷凍機を導入し、冷凍食品の販売を始めたとします。

この場合、冷凍食品の販売代金は課税売上になる可能性があります。一方、設備導入時に受け取った補助金は、引き続き対価性のない収入です。

「補助金を使った事業から売上が出たか」ではなく、「補助金自体が何かの対価として支払われたか」で判断します。

「非課税」と「不課税」は厳密には異なる

補助金については、「消費税が非課税」と説明されることがあります。

ただし、消費税上の「非課税取引」と「不課税取引」は厳密には異なります。

非課税取引とは、本来は国内取引として消費税の対象になるものの、土地の譲渡や社会保険医療など、社会政策上の理由から消費税を課さない取引です。

一方、補助金のように、そもそも商品やサービスの対価ではない収入は、消費税の課税対象に入りません。

行政機関の案内では「不課税売上」「非課税売上」といった表現が使われることもありますが、実務上は「補助金の受取額は消費税の課税対象外」と理解すると分かりやすいでしょう。

例外的に対価性がある金銭は内容を確認する

名称に「補助金」「助成金」「奨励金」と付いていても、実際には商品やサービスの提供、販売数量などの実績に応じて支払われる金銭があります。

例えば、取引先から販売数量に応じて支払われる販売奨励金などは、取引内容によって仕入れに係る対価の返還等として調整が必要になることがあります。

そのため、名称だけで消費税の扱いを判断してはいけません。

国や自治体の政策支援として交付される一般的な補助金なのか、商品やサービスの取引に関連して支払われる金銭なのかを確認しましょう。

補助金を受け取っただけでは消費税は発生しない

一般的な補助金は、商品やサービスの提供に対する対価ではありません。

そのため、補助金の受取額は原則として消費税の課税対象外です。

ただし、補助金を使って購入した設備やサービスに含まれる消費税は、別途確認する必要があります。

仕入控除税額の報告・返還が必要になる場合

補助金の受取額には消費税がかかりません。

一方、補助対象経費として設備やサービスを購入した場合、その代金には消費税が含まれていることがあります。

課税事業者がその消費税について仕入税額控除を受けると、補助金の交付元への報告や返還が必要になる場合があります。

補助金と消費税で特に注意したいのは、この仕入控除税額の取り扱いです。

仕入税額控除とは

事業者が納付する消費税は、原則として、売上時に受け取った消費税から、仕入れや設備購入などで支払った消費税を差し引いて計算します。

この仕組みを仕入税額控除といいます。

計算の基本的な考え方は次のとおりです。

売上にかかる消費税額－仕入れなどで支払った消費税額＝納付する消費税額

例えば、課税売上にかかる消費税が100万円あり、設備や仕入れなどで支払った消費税が60万円ある場合、差額の40万円を納付するという考え方です。

国税庁も、課税売上にかかる消費税額から、課税仕入れなどにかかる消費税額を控除して納付税額を計算すると説明しています。

補助対象経費に含まれる消費税も控除できる場合がある

補助金を使って購入した設備やサービスであっても、課税仕入れの要件を満たせば、購入時に支払った消費税を仕入税額控除の対象にできる場合があります。

例えば、税込330万円の設備を購入した場合、代金には30万円の消費税が含まれています。

課税事業者が一般課税で申告し、必要な要件を満たしていれば、この30万円の全部または一部を仕入税額控除できる可能性があります。

補助金を受け取ったこと自体によって、設備購入時の仕入税額控除が一律に禁止されるわけではありません。

消費税相当額が二重に支援されることがある

仕入控除税額の返還が必要になるのは、同じ消費税相当額について二重に利益を受ける状態を調整するためです。

例えば、税込330万円の設備を購入し、その費用を基に220万円の補助金を受け取ったとします。

この補助金額が税込経費を基に計算されている場合、補助金の中には設備購入時の消費税に対応する金額も含まれています。

さらに、消費税の確定申告で設備に含まれる消費税を仕入税額控除すると、次の2つが重なります。

補助金による消費税相当額の支援
仕入税額控除による消費税負担の軽減

この重複分を調整するため、補助金に対応する仕入控除税額を交付元へ返還する仕組みが設けられています。

行政機関も、助成対象経費に消費税を含めて助成額を確定し、仕入税額控除を受けた場合には、消費税相当額の報告と返還が必要になると案内しています。

返還額は補助金額の10％とは限らない

仕入控除税額の返還額は、補助金額に単純に10％を掛けて計算するとは限りません。

実際の返還額は、次の条件によって変わります。

補助対象経費に含まれる課税仕入れの金額
適用される消費税率
補助率
仕入税額控除の対象となる割合
課税売上割合
消費税の計算方法
交付要綱に定められた計算方法

補助対象経費の中に、人件費や税金、印紙代など消費税がかからない費用が含まれている場合、その部分から仕入控除税額は発生しません。

また、課税売上高や課税売上割合によっては、仕入れに含まれる消費税の全額を控除できない場合があります。

そのため、返還額は実際の消費税申告と交付要綱に基づいて計算します。

仕入控除税額が発生しない場合もある

補助金を受け取った事業者が、必ず消費税相当額を返還するわけではありません。

例えば、次のような場合は、返還額が発生しない可能性があります。

消費税の免税事業者である
仕入税額控除を受けていない
補助対象経費に消費税が含まれていない
人件費など課税仕入れに該当しない経費だけが対象になっている
申請時に消費税相当額を除外して補助金額を計算した
確定した仕入控除税額が0円だった
制度上、税抜金額のみが補助対象になっている

ただし、返還額が0円でも報告書の提出を求める制度があります。

行政機関の案内でも、仕入控除税額が0円の場合を含めて報告するよう定められている助成金があります。

簡易課税を選択している場合も要綱を確認する

簡易課税制度では、実際に支払った仕入れの消費税額ではなく、売上にかかる消費税額と業種ごとのみなし仕入率を使って仕入控除税額を計算します。

そのため、一般課税とは仕入控除税額の考え方が異なります。

簡易課税事業者について返還額を0円とする制度もありますが、すべての補助金で一律に同じ扱いになるとは限りません。

申請する補助金の交付要綱や仕入控除税額報告書の記載要領を確認しましょう。

補助事業の完了後に消費税額を確定する

仕入控除税額は、補助事業が終わった時点ですぐに確定するとは限りません。

課税期間全体の売上や仕入れを基に消費税の確定申告を行った後で、補助対象経費に対応する仕入控除税額が確定する場合があります。

一般的な流れは次のとおりです。

補助事業を実施する
設備やサービスの代金を支払う
実績報告を行う
補助金を受け取る
消費税の確定申告を行う
補助金に対応する仕入控除税額を計算する
交付元へ報告する
返還額があれば納付する

提出時期は制度ごとに異なります。

補助事業完了後の翌年度や翌々年度に報告期限が設定される場合もあるため、補助金を受け取った後も管理が必要です。

仕入控除税額報告書を提出する

補助金の交付要綱で定められている場合、消費税の確定申告後に仕入控除税額報告書を提出します。

必要になる可能性がある書類は次のとおりです。

仕入控除税額報告書
消費税の確定申告書の写し
課税売上割合の計算書
仕入控除税額の計算過程が分かる資料
補助金の交付決定通知書
補助事業の実績報告書
返還額の内訳書

必要書類は補助金によって異なります。

交付決定通知書や実績報告の手引きに報告義務が書かれている場合があるため、補助金の入金後も書類を廃棄しないようにしましょう。

返還額がある場合は交付元へ納付する

報告の結果、補助金に対応する仕入控除税額がある場合は、国や自治体などの交付元へ返還します。

交付元から納入通知書や納付書が送られ、指定された期限までに金融機関などで納付するのが一般的です。

行政機関の案内でも、返納対象者へ納入告知書を送付し、記載された期限までに納付するよう定めています。

期限までに納付しなかった場合、交付要綱に基づいて延滞金が発生することもあります。

報告書を提出しただけで手続きが終わったと思わず、返還の有無と納付期限まで確認しましょう。

返還額がなくても報告義務を確認する

補助金で購入した設備やサービスの消費税について仕入税額控除を受けると、補助金の一部を返還する場合があります。

返還額が0円でも、報告書の提出が必要な制度があります。

補助事業の終了後は、消費税の確定申告、仕入控除税額の計算、交付元への報告まで忘れずに行いましょう。

補助金申請時に税込・税抜の扱いを確認する

補助金の仕入控除税額に関するトラブルを防ぐには、補助金を受け取った後ではなく、申請前から消費税の扱いを確認することが重要です。

補助金によっては、消費税を含む税込経費を基に申請できるものと、税抜経費のみを補助対象とするものがあります。

申請時の金額を誤ると、交付申請の修正や補助金の減額、受給後の返還につながる可能性があります。

税込申請と税抜申請の違い

補助金の対象経費が税込110万円で、補助率が2分の1だった場合を考えてみましょう。

税込金額を基に申請できる制度では、計算上の補助金額は55万円です。

一方、消費税10万円を除いた税抜100万円を基に計算する制度では、補助金額は50万円となります。

申請方法	補助対象経費	補助率	計算上の補助金額
税込申請	110万円	2分の1	55万円
税抜申請	100万円	2分の1	50万円

税込申請で55万円を受け取り、購入時の消費税について仕入税額控除を受けると、補助金に対応する消費税相当額の返還が必要になる場合があります。

税抜申請であれば、最初から消費税相当額が補助対象に含まれていないため、その部分に関する返還が発生しないことがあります。

課税事業者か免税事業者か確認する

補助金の申請時には、自社が消費税の課税事業者か免税事業者かを確認します。

確認したい項目は次のとおりです。

消費税の課税事業者か
免税事業者か
簡易課税制度を選択しているか
一般課税で申告しているか
インボイス発行事業者として登録しているか
補助事業期間中に課税区分が変わる予定があるか

インボイス発行事業者として登録すると、原則として消費税の課税事業者になります。

申請時は免税事業者でも、補助事業の実施中や消費税の確定申告時に課税事業者へ変わることがあります。

将来の課税区分も含めて確認しましょう。

見積書の税込・税抜表示を統一する

補助金申請では、経費明細書と見積書の金額を一致させる必要があります。

見積書が税込表記、申請書が税抜表記になっていると、金額の確認に時間がかかります。

見積書を取得するときは、次の項目を明確にしてもらいましょう。

税抜金額
消費税額
税込金額
適用税率
軽減税率の対象項目
非課税・不課税となる費用
値引き額
設置費や運搬費の内訳

複数の経費をまとめた見積書では、補助対象経費と対象外経費を分けてもらうと申請しやすくなります。

経費によって消費税の扱いが異なる

補助事業で支払う費用のすべてに消費税がかかるわけではありません。

例えば、一般的な機械設備、システム利用料、広告制作費、外注費などは課税仕入れになることがあります。

一方、給与や税金、印紙代などは、通常の課税仕入れとは異なる扱いです。国税庁も、給与等の支払いは課税仕入れに含まれないと説明しています。

補助対象経費に複数の費用が含まれる場合は、消費税が含まれる経費と含まれない経費を分けて整理しましょう。

公募要領と交付要綱を確認する

消費税の扱いは、補助金ごとの公募要領や交付要綱に記載されています。

次のような表現を確認しましょう。

消費税および地方消費税は補助対象外
消費税を除いた金額で申請する
免税事業者は税込金額で申請できる
仕入控除税額を減額して申請する
仕入控除税額が確定した場合は報告する
返還額が0円でも報告する
課税区分が変わった場合は届け出る

公募要領だけでなく、交付決定後に配布される実績報告の手引きにも注意が必要です。

申請時点では詳しい記載がなくても、補助事業終了後の報告義務として定められている場合があります。

補助事業の会計を通常経費と分けて管理する

補助事業に関する収入と支出は、通常の事業経費と区分して管理すると、実績報告や仕入控除税額の計算がしやすくなります。

行政機関の案内でも、助成事業の収入額と支出額を明らかにするため、一般の事業経費と区分して会計整理するよう求めています。

管理しておきたい書類は次のとおりです。

交付申請書
交付決定通知書
見積書
契約書
発注書
納品書
請求書
振込明細
領収書
固定資産台帳
実績報告書
消費税の確定申告書
仕入控除税額報告書

会計ソフトでは、補助事業専用の補助科目や部門を設定する方法もあります。

通常経費と混在させないことで、対象経費の集計や税理士への説明がスムーズになります。

税理士へ確認するタイミング

補助金の消費税について税理士へ相談する場合は、確定申告の直前だけでなく、申請前や設備購入前に確認することが大切です。

特に、次のケースでは早めに相談しましょう。

高額な設備を購入する
税込金額で補助金を申請する
一般課税と簡易課税のどちらを選ぶか検討している
課税売上割合が低い
複数の補助金を利用する
補助事業の途中で課税事業者になる
補助対象経費に課税・非課税の費用が混在する
交付要綱の返還計算が分かりにくい

税理士が補助金申請そのものを支援していない場合でも、税務処理や消費税申告について相談できます。

補助金事務局には制度上の取り扱いを、税理士には税務申告上の処理を確認するとよいでしょう。

申請時点で消費税の扱いを決める

補助金申請では、税込金額と税抜金額のどちらを使うかを最初に確認します。

自社の課税区分、補助対象経費の内訳、交付要綱の返還ルールを整理したうえで申請しましょう。

事前に消費税相当額を除いて申請できれば、受給後の返還手続きを減らせる場合があります。

補助金収入と経費の消費税を分けて考えよう

補助金の受取額は、原則として消費税の課税対象外です。

補助金は、商品やサービスの販売代金として受け取るものではありません。国や地方自治体などが、設備投資、販路開拓、雇用環境の改善といった取り組みを支援するために交付する資金です。

そのため、補助金を受け取っただけで消費税が発生するわけではありません。

ただし、補助金を使って設備やサービスを購入した場合は、購入費に含まれる消費税について確認が必要です。

課税事業者が補助対象経費の消費税を仕入税額控除すると、補助金で支援された消費税相当額と控除による負担軽減が重なることがあります。

この場合、補助金に対応する仕入控除税額を交付元へ報告し、返還しなければならない可能性があります。

補助金と消費税の関係は、次のように整理できます。

確認する内容	基本的な考え方
補助金の受取額	原則として消費税の課税対象外
補助対象経費の消費税	課税仕入れであれば仕入税額控除の対象になり得る
仕入税額控除を受けた場合	補助金に対応する金額の報告・返還が必要な場合がある
返還額が0円の場合	制度によっては報告書の提出が必要
税込・税抜の申請	公募要領や交付要綱によって異なる
報告期限	補助金ごとに異なるため個別確認が必要